L'histoire se déroule à l'Académie Shido, un pensionnat pour les garçons, et se concentre sur Hayama Takumi, un garçon solitaire et timide qui souffre d'une phobie extrême du contact humain et ne peut pas être touché par les autres.
Au cours de sa deuxième année d'études, Takumi doit partager sa chambre avec Saki "Gii" Giichi.
Gii a été élevé à l'étranger et est l'idole de l'école en raison de ses performances académiques exceptionnelles et de sa belle apparence.
Cependant, Takumi se rend compte de la véritable sensibilité de la personnalité de Gui.